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Morphologiquement, la mésange bleue est caractérisée par son bec bleu gris conique, petit et pointu. Elle a les yeux noirs, les pattes et les doigts bleus. En revanche, la mésange charbonnière possède un bec court et noirâtre. Ses pattes et ses doigts sont bleu-gris clair.

La grande différence entre les deux espèces se trouve au niveau de leur taille : si la mésange bleue ne mesure qu’entre 11 à 12 cm avec une envergure comprise entre 12 à 14 cm, l’autre espèce mesure jusqu’à 14 cm pour une envergure de 23 à 26 cm.  En plus, la mésange charbonnière peut faire entre 16 à 21g alors que pour la mésange bleue, il varie de 7,5 à 14 g.

Leur plumage est très particulier. En effet, la mésange bleue se spécifie par une large calotte bleue et une ligne bleu foncée allant du bec à la nuque, traversant sa face blanche ; des ailes et une queue bleues.  Son dos est brun verdâtre et son flanc jaune avec une bande grise peu marquée (médiane et longitudinale). Il est assez difficile de faire la différence entre le mâle et la femelle de la mésange bleue. La femelle est juste un peu plus terne que le mâle particulièrement sur le front et les couvertures alaires. Pour ce qui est de la mésange charbonnière, son plumage se caractérise par la couleur verdâtre de son dos et par une « cravate » noire le long de sa poitrine et de son ventre jaune. Cette bande est plus étroite chez la femelle que chez le mâle.  Elle a une tête bleu-noir luisant avec des joues blanches, des ailes bleu grisâtre munies d’une bande alaire blanche. Quant à la queue et les rectrices externes, elles sont respectivement bleu-gris et blanches.

La mésange bleue a un petit cri aigu faisant un « tsi-tsi ». On dit qu’elle zinzinule, mais cela devient strident quand elle sent l’approche du danger.  La mésange charbonnière quant à elle émet un cri perçant, sonore et très diversifié sans parler des diverses imitations. Mais son chant habituel est un « teechu-teechu-teechu…».