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Vers 493, Clovis épousa Clotilde, nièce catholique de Gondebaud, tandis que, en 492, sa sœur Audoflède avait épousé Théodoric, alors en guerre contre Odoacre auquel il disputait Ravenne, siège fortifié des restes de l'Empire Romain.
Geneviève, résolument anti-arienne, veut la " fin de la guerre civile " et la "conversion du Roi des Francs ". Fille elle-même d'un Franc elle sait que cette conversion est possible. Ce premier point fut appliqué grâce à ses interventions systématiques auprès de Childéric puis de son fils Clovis pour leur arracher littéralement la grâce des prisonniers de guerre gallo-romains coupables de collaborer avec les Wisigoths.
Le deuxième point commença à devenir réalité, lorsque Clotilde, princesse catholique Burgonde, épousa Clovis. Dés lors les 2 femmes allaient renforcer mutuellement leur action pour une transformation complète du nord de la gaule et la défaite de l'arianisme. La nouvelle de la conversion de Clovis, de ces officiers et soldats en 499 à Reims a déjà fait le tour du royaume Franc, elle a été reçue à Paris avec enthousiasme et par Geneviève avec joie. Désormais, rien ne s' oppose à ce que le roi des Francs entre solennellement dans la ville des Parisiens. 

En 494, alors qu 'il rentre à Soissons (de retour de Burgondie où il a aidé Godegisèle à combattre son frère Gondebaud, Clovis apprend la mort de son nouveau né Ingomer que Clotilde à fait baptiser. Cet événement tragique rend Clovis plus coléreux, plus impatient. Il ne supporte plus la résistance de Lutèce et celle de Geneviève qui veille sur les remparts de la cité. Il ordonne un renforcement du siège. Tout le territoire de la cité fut menacé de famine, alors on vit Geneviève réquisitionner onze bateaux, remonta le fleuve et put faire acheminer le blé nécessaire à la population parisienne. De retour dans sa ville, elle surveilla la fabrication du pain, le fit vendre à ceux qui en avaient les moyens, et distribuer gratuitement aux pauvres. Véritable maîtresse politique et religieuse de Paris, elle s'était montrée capable de briser l'embargo de Clovis, roi des Francs, sans se mettre en désaccord avec lui. Vers 499 éclata un conflit entre Gondebaud et son frère Godégisèle (ou Godégisile), roi de Genève, qui s'allia aux Francs de Clovis. Battu, Gondebaud fut assiégé dans Avignon (500), mais l'approche des armées d'Alaric II amena vraisemblablement Clovis à lever le siège, abandonnant Godégisèle, qui fut exécuté (501). Gondebaud reprit possession de son royaume en 502. C'est à ce moment qu'il publia la loi gombette, dont le but politique était de contribuer à l'unification de la Burgondie après la grave crise qu'elle venait de traverser. Gondebaud s'allia à Clovis contre Alaric II, et une armée burgonde commandée par Sigismond,son fils, prit part à la bataille de Vouillé (507). Mais Théodoric attaqua à son tour les Burgondes, qui perdirent le sud de leur royaume. Gondebaud avait poursuivi la politique de tolérance religieuse de Chilpéric, même s'il renonça à se convertir, et à sa mort, le royaume burgonde, très fortement romanisé, se trouva aux mains de son fils, roi catholique, Sigismond. Les Burgondes sont chrétiens, mais ralliés à un courant hérétique, l'arianisme. Au début du VIe siècle, Sigismond, fils du roi Gondebaud, adhère au catholicisme. Il fonde un des couvents les plus célèbres de la Suisse, l'abbaye de Saint-Maurice en Valais. 

Mort de Geneviève

Geneviève décéda en 502, elle fut enterrée à Paris dans un cimetière suburbain existant, devenu quartier de la Montagne Sainte Geneviève. Clovis y fit édifier, avec Clotilde, la basilique des Saints-Apôtres sur la tombe même de Sainte Geneviève . C'est dans l'église saint Etienne du Mont, à Paris, qu'une châsse abrite les restes de sainte Geneviève, perpétuant le souvenir de celle qui par son calme et sa foi sauva Lutèce du péril d'Attila.